《阿凡達2》的劇情承接自初代的5年之後。曾經的地球殘疾軍人傑克·薩利，如今已經是潘多拉星球納美族一方部族的族長，並且與愛妻娜塔莉共同育有一對可愛的兒女，日子過得平淡而充實。 一個清冷的雨夜，傑克忽然回想起他過去的人類生活，那些來到潘多拉之前的日日夜夜。那個時候的地球，生態環境已經因為人類的種種破壞而瀕臨崩潰，各種大小天災接連不斷，必須依靠去外星強取豪奪各類資源才能勉強維持生存，而潘多拉星球的寶貴礦產和自然資源，也許是能夠挽救地球的重要力量，更是他們覬覦已久的對象。

此時的傑克心裡十分清楚，想要人類放棄征服潘多拉的計劃是不可能的，必須隨時保持高度的警惕。 就在這時，有手下人跑來告訴他，有個部族的兄弟在海岸附近巡邏時遭到利器割喉身亡。通過現場勘查，以及作為前海軍陸戰隊員的敏銳直覺，傑克判斷已經有人類的阿凡達混入了部落。 然而娜塔莉告訴他這是不可能的，因為阿凡達身上的氣味與一般納美人的氣味大相逕庭，如果是阿凡達混了進來應該早就被察覺了。但是傑克深信自己的直覺，他知道以現今地球科學家的技術水準，經過幾年的發展培育出與納美人毫無二致的阿凡達也並非不可能的事。何況利刃割喉的手法，很像傑克過去接受特種培訓時的手段。

可是，又如何才能把這個潛在的對手查出來呢？ 苦思冥想之後，傑克心生一計。第二天，他高調宣布了舉辦迅雷翼獸馴服大賽的活動。在規定時間內，誰能夠最快的馴服一隻迅雷翼獸就算冠軍，部族將為冠軍製作一個等身大小的雕像，所有部族最勇猛的戰士都務必參加。 比賽當天的氣氛熱烈異常，各路勇士紛紛大展身手。

傑克對所有選手掃視了一圈，突然朝著其中的一個疾跑過去，並將其撲倒在地。原來這個人就是內奸。事後傑克告訴娜塔莉，地球人經過一段時間的訓練，生活習性也許可以和納美人沒什麼不同，但殘忍的天性是不會變的，更何況是特種軍人。在他們眼裡，征服一頭野獸根本不需要感情，而納美人追求的是靈性想通，兩種思想根本是背道而馳的。傑克舉辦這個活動，目的就是要找到那個最無情的獵手。

通過對人類阿凡達的審訊，一個巨大的陰謀浮出水面。原來人類早就悄悄的重返了潘多拉星球，並且在潘多拉的海洋中設立了秘密基地，準備在水下出其不意的像納美人發動奇襲。第一波攻勢之後，更是會有盤踞在半人馬α星系宇宙空間裡的人類太空總部向潘多拉發起總攻！而被殺死的那個納美族精英，就是無意中發現了人類在海邊的秘密活動才慘遭毒手。

一時之間，整個潘多拉人心惶惶，經歷了上一次戰爭，納美人自然十分清楚地球的軍事力量，上次區區數千僱傭兵已經攪的潘多拉天翻地覆，何況這次窮途末路的人類傾巢出動。 傑克明白，他最擔心的事終於發生了，很快這個美麗的星球就要再次面臨戰火的洗禮。無論結果如何，他必須想盡一切方法挽救這裡的生命。不過面對這種情況，傑克其實也早有準備。5年前的那場戰鬥結束後，納美人繳獲了數量龐大的武器裝備和科研設施。

當初娜塔莉和其他部落的一些首領都建議他銷毀這批武器裝備，認為它們是潘多拉根本不需要的，「充滿骯髒的殺戮兵器」。只有傑克知道，只要地球人對潘多拉賊心不死，這些武器裝備遲早會有派上用場的那一天。於是，傑克秘密組織了一個科研團體，籠絡了納美人各部族的人才，對這些武器進行改造研究，以備將來的不時之需。同時，他還把自己過去的人類身體，那個傑克·薩利的最後證明，盛放在了一個巨大的培養皿中。這一切行動都是在極度機密的情況下進行的，甚至連娜塔莉都不知道。

用地球人自己的科技打敗他們，這難道不是最好的回敬？ 然而人算不如天算，地球人的海底攻勢突然提前發動，整個潘多拉陷入了一片慌亂之中。原來，地球人想到阿凡達被俘的可能，就在他們的指關節處安裝了特製的通信器，只要對著牆面輕輕扣擊莫爾斯電碼就可以傳遞信息。納美人由於心地純良，對被俘的阿凡達疏於防範，反而讓他掌握了一些有用的情報，並且通過體內的通信器傳遞給了宇宙間的人類太空總部。 來不及多想，納美人紛紛投入戰鬥，期間死傷無數，場面甚為慘烈。

當然，我們的主角仍舊像上一部那樣一邊騎著魅影耍酷一邊進行戰鬥。 這裡值得一提的是，外形酷似中國傳說中的神獸貔貅的怪獸「Topoomy」起到了奇兵的作用，不僅將無數地球人製造的武器裝備飛行設施直接吞入腹中，甚至機槍飛彈也不能傷害其分毫。 狡猾的地球人見場面上逐漸占了下風，索性龜縮回水下，用特殊的水對地飛彈對潘多拉各部族成員及各地的神樹狂轟濫炸。 於是傑克派遣了一批部族精英攜帶水下呼吸器向著人類海底基地發動了進攻。這一段水下大戰的情節甚是奇妙，並不是三兩句話就可以說明的。

總之，人類在海底節節敗退，之前仰仗的水下防禦系統也被潘多拉的自然之力摧毀。 眼見納美人勝利在望，天色忽然暗了下來，原來地球人巨大的飛行戰艦已經接近了潘多拉。 傑克無奈之下終於採取了最後的絕招，通過儀式將自己靈魂傳導回原來的身體，孤身前往人類戰艦，尋求和平解決兩族爭端的辦法。幾乎所有納美人都認為這個計劃完全不可行，傑克此行必定有去無回。

此時，傑克·薩利，這個前海軍陸戰隊員，現今的部落首領，引用了一句古老中國的經典諺語：「我不入地獄，誰入地獄？」他知道自己無論有多麼充分的理由，始終是人類的叛徒，那是沒有辦法迴避的過去。這次與地球的接觸，既是為了和談，也是為了贖罪。眾人聽罷紛紛落淚。

影片最後，恢復人身的傑克·薩利乘坐的直升機緩緩升起，翠綠的草地上是守望他的愛人和子民，天空中則是巨大的人類母艦的身影。至於未來究竟會怎樣，地球人能否與納美人和平共處，那就是另一個故事了。